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Pesquisadores estão analisando o esgoto para detectar vírus do Covid precocemente

08 de agosto de 2022 (Bibliomed). À medida que o SARS-CoV-2 continua a se espalhar e evoluir, a detecção precoce de variantes emergentes é fundamental para intervenções de saúde pública. Inferir a prevalência da linhagem por testes clínicos é inviável em escala, especialmente em áreas com recursos limitados, participação ou capacidade de teste/sequenciamento, o que também pode introduzir vieses.

A concentração de RNA do SARS-CoV-2 em águas de resíduos (esgotos) rastreia com sucesso a dinâmica de infecção regional e fornece estimativas de abundância menos tendenciosas do que os testes clínicos. O rastreamento de sequências genômicas de vírus em águas de esgotos melhoraria as estimativas de prevalência da comunidade e detectaria variantes emergentes. No entanto, dois fatores limitam a vigilância genômica baseada em águas de esgotos: dados de sequência de baixa qualidade e incapacidade de estimar a abundância relativa da linhagem em amostras mistas.

Um novo estudo publicado na revista Nature se propôs a resolver esses problemas críticos para realizar um esforço de sequenciamento clínico e de águas de resíduos de alta resolução de 295 dias, no ambiente controlado de um grande campus universitário e no contexto mais amplo do município vizinho.

Pesquisadores desenvolveram e implantaram protocolos de concentração de vírus aprimorados e software de deconvolução que resolvem totalmente várias cepas de vírus de águas de esgotos. Foram detectadas variantes emergentes preocupantes até 14 dias antes em amostras de águas de esgotos e identificados vários casos de disseminação de vírus não capturados pela vigilância genômica clínica.

Portanto, este novo estudo fornece uma solução escalável para vigilância genômica de águas de esgotos que permite a detecção precoce de variantes de SARS-CoV-2 e identificação de transmissão críptica.

Fonte: Nature (2022). DOI: 10.1038/s41586-022-05049-6.